После событий первой части синий еж Соник обретает подобие дома в Грин-Хиллз, но тихая жизнь быстро сменяется новым вызовом. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира, для чего ему нужен Мистер Эггман — могущественный артефакт, известный как Хрустальный изумруд. Его ищет и загадочный и сильный воин Наклз, чьи мотивы остаются неясными.
Действие разворачивается на фоне America конца XIX века, где на западных территориях до сих пор царит неофициальный закон сильнейшего. Богатый и влиятельный землевладелец по имени Баллард, привыкший, что его слово — закон, решает жестоко проучить соседа Реддинга за смелость прекословить. Его мера, рассчитанная на унижение, оказывается перебором.