Проснувшись в холодной темноте огромного звездолета, летчик и инженер не помнят ни своей миссии, ни того, сколько лет прошло с момента старта. Техника безмолвствует, коридоры пусты, а на корабле, предназначенном для перевозки тысяч колонистов, царит гнетущая тишина, нарушаемая лишь странными звуками из вентиляционных шахт.
Действие разворачивается в 2267 году, когда Земля превратилась в мёртвую пустыню, а человечество заперто в тесных орбитальных станциях. Для молодой врача Лауры Портман единственный шанс начать новую жизнь на далёкой планете Рея — подписать контракт с корпорацией «Койпер» и провести восемь лет в автономном полёте на устаревшем грузовом корабле.
Действие разворачивается в мрачном будущем, где человечество, почти вымершее от вируса, существует в изоляции под защитным куполом. В этом замкнутом мире живёт и действует Эон Флакс — агент с необычной физиологией и невероятными боевыми навыками. Она принадлежит к подпольной группе «Монахи», которые ведут партизанскую войну против тоталитарного режима, но её личные мотивы и прошлое остаются...