Фильм «Яблочное зёрнышко: Проект Альфа» — это приквел к известной франшизе, действие которого происходит в период, предшествующий знакомству главных героев с легендарным городом-государством Олимп. Сюжет сосредоточен на боевой биографии Дюнан и Бриарея, показывая их как наёмников, вынужденных выполнять рискованные задания в постапокалиптическом мире.
Знаменитая волшебница Лина Инверс и её заклятая подруга, ассасин Нага Серпент, по привычке попадают в передрягу, оказавшись в необычном городе, прославившемся искусным производством големов. Здесь они случайно знакомятся с дочерью одного из величайших мастеров, который давно оставил своё ремесло. В это же время два алчных правителя города ведут скрытую войну за единоличную власть.