После событий первой части синий еж Соник обретает подобие дома в Грин-Хиллз, но тихая жизнь быстро сменяется новым вызовом. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира, для чего ему нужен Мистер Эггман — могущественный артефакт, известный как Хрустальный изумруд. Его ищет и загадочный и сильный воин Наклз, чьи мотивы остаются неясными.
Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи миллиардер, для которого работа всегда на первом месте. Его дочь Ребекка давно мечтает о коте, и, несмотря на презрение к животным, Том в последний момент перед праздником заходит в зоомагазин, выбирая самого эффектного кота — пухлого и гордого Мистера Пушистые Штаны. Но по пути домой с ним случается несчастный случай.