Сан-Франциско охвачен серией изощрённых и жестоких убийств, каждое из которых является точной копией преступлений, совершённых в прошлом легендарными серийными маньяками. Местная полиция оказывается в тупике, пока сотрудница отдела по расследованию убийств Эм Джей Монаган не обращается за помощью к доктору Хелен Хадсон — бывшему профилеру, ставшему затворником после трагического инцидента.
После событий предыдущего фильма команда «Энтерпрайза», возглавляемая капитаном Кирком, возвращается на Землю на угнанном клингонском корабле. Их ждёт не триумф, а суд за многочисленные проступки, но куда более страшная новость: к планете приближается огромный инопланетный корабль, посылающий сигналы на языке китов, исчезнувших в 23-м веке.