1863 год. Япония балансирует на грани гражданской войны, а старый порядок, сёгунат Токугава, дрожит под натиском имперских сил и собственных внутренних противоречий. В этой кипящей котлете крови и идеалов появляется Нио — сирота, выросший с непоколебимой верой в справедливость. Его путь неожиданно пересекается с двумя фигурами, чьи имена войдут в историю: Тосидзо Хидзикатой и Окита Содзи.
Путешествие в самое сердце таинственной Бездны продолжается. Рико, её робот-спутник Рег и воин Нанати преодолевают Светящийся лес и достигают Сада цветов стойкости — порога пятого, «морского» уровня. Здесь, на границе вечной тьмы, их ждёт последний оплот цивилизации — Идофронт, база исследователей, откуда ещё возможен возврат на поверхность.
Молодой режиссёр Макото Синкай, прославившийся визуально потрясающими и эмоционально насыщенными работами, возвращается с новой историей о силе человеческих связей и выборе. Действие разворачивается в альтернативном Токио, где небо навсегда осталось под властью тяжелых туч и непрекращающегося ливня.