Аниме-сериал «Синий оркестр» рассказывает историю Хадзимэ Аоно, молодого скрипача, чей талант был унаследован от отца — всемирно известного музыканта. После болезненного развода родителей юноша принимает суровое решение навсегда отказаться от инструмента, считая, что игра на скрипке связана лишь с тенью былого семейного единства.
Действие разворачивается в альтернативном Лондоне, где скрытая от большинства угроза — драконы — ответственны за подавляющее число смертей. Город разделён: обычные люди живут в неведении, а на его «обратной стороне» обитают те, кто способен воспринимать этих существ. Среди них — ведьмы Ноэль Ниихаси и Нинни Спангкол, агенты тайной организации «Связующее крыло».
Действие разворачивается в уникальном мире, где стражем страны является гигантский дракон, а его здоровье — забота специальных «зубных». Главная героиня Ноноко только что приступает к этой необычной службе, и её задача — тщательно ухаживать за челюстями древнего защитника. Повседневная рутина резко сменяется, когда конфликт с соседней державой перерастает в активные боевые действия.