Фильм «В списках не значился» переносит зрителя в напряжённые предвоенные дни июня 1941 года. Главный герой — молодой, полный надежд лейтенант Коля Плужников — приезжает в Брест, чтобы заступить на постоянное место службы. Ощущение радостного ожидания будущей карьеры контрастирует с тревожными, но ещё не осознанными знаками: переполненный вокзал, толпы людей с багажом.
Бывший майор милиции Черкасов, оказавшийся на пенсии, не может устоять перед вызовом бывших коллег из МУРа. Их новое дело — жестокие убийства нескольких участников лотереи, недавно выигравших крупные суммы. Под подозрением оказываются организатор розыгрыша Белоусов и его ведущий Шорохов, но расследование быстро выходит за рамки простого розыска преступника.
1980 год, предолимпийская Москва. В городе объявлена беспрецедентная операция: ни одного преступления. Все силы милиции, включая убойный отдел, брошены на борьбу с проституцией и мелким хулиганством. Следователь Иван Петрович Черкасов, привыкший к серьёзным делам, вынужден заниматься рутинными задержаниями. Но ситуация меняется, когда в городе начинается череда загадочных убийств.
Советская столица накануне грандиозного события — Олимпийских игр 1980 года. В этой атмосфере всеобщего ожидания и строгого контроля скрывается хладнокровный и обаятельный мошенник, чьи жертвы — женщины из высшего общества. Его методы отработаны до автоматизма: он входит в доверие, обещает нечто невероятное и исчезает с деньгами.
Сердце столицы бьётся в ритме late 70-х. Следователь Иван Петрович Черкасов, человек с нелёгкой судьбой и чутким инстинктом, сталкивается с делом, чьи нити расплетаются между бетоном советских высоток и зелёными просторами ипподрома. Всё начинается с трагедии на крыше — студент архитектурного института мертв. Вскоре его мать, сломавшись от горя, покончила с собой.
1975 год. Холодная война достигла точки кипения, а гонка вооружений между сверхдержавами обретает новые, смертельно опасные формы. В секретных лабораториях Советского Союза кипятят работы над межконтинентальной баллистической ракетой «Сатана» — оружием, способным изменить баланс сил. Но в стальнокрылых коридорах Кремля и зданиях Пентагона уже шепчутся о роковой утечке: кто-то из своих передаёт...
Действие разворачивается в январе 2015 года. На удалённой базе террористов, замаскированной под лагерь беженцев на границе Туниса и Ливии, планируется масштабный теракт, направленный на Москву. Случайным свидетелем этих приготовлений становится местный сотрудник миссии ООН Джафар Сафради, который немедленно передаёт добытую информацию в российскую столицу.
Лето 1941 года. Под белорусским селом Любаши идут жестокие бои. Советские войска отступают, а среди гражданских, кто не успел уйти в лес, оказывается прямо в эпицентре боя. Слепой после контузии капитан Хлебников приходит в себя в землянке-блиндаже. Пытаясь избежать плена, он хочет застрелиться, но его находит местная жительница Серафима. Женщина решает помочь раненому, рискуя собственной жизнью.