Фильм «В списках не значился» переносит зрителя в напряжённые предвоенные дни июня 1941 года. Главный герой — молодой, полный надежд лейтенант Коля Плужников — приезжает в Брест, чтобы заступить на постоянное место службы. Ощущение радостного ожидания будущей карьеры контрастирует с тревожными, но ещё не осознанными знаками: переполненный вокзал, толпы людей с багажом.
Аня, сбежавшая от гиперопеки родителей, и Дима, застрявший в их квартире без шансов на личную жизнь, — полные противоположности. Их мимолетная встреча в одной из московских ночей кардинально меняет всё, когда Аня заявляет, что ждёт ребёнка. Эта новость становится для обоих шоком и одновременно катализатором, вырывающим их из зоны комфорта.