Фильм «Малыш» рассказывает историю восьмилетнего Пепе, живущего в небольшом городке на побережье Калифорнии в 1942 году. Когда его отца, местного рыбака, призывают в армию и отправляют на Тихий океан, мальчик убеждён, что может повлиять на ход войны. Он находит в библиотеке книгу о чудесах и решает, что его «маленький» рост и наивная вера — это ключ к спасению отца.
После многих лет, проведенных вдали, главный герой вынужден вернуться в старый семейный дом, который стал для него местом самых жутких воспоминаний. В детстве его преследовал невидимый монстр, скрывавшийся в темноте под кроватью, и теперь, спустя годы, кошмар возвращается. Не просто как воспоминание, а как реальная, физическая опасность, которая вновь нависла над его жизнью и жизнью его родных.