Действие разворачивается в стенах престижной католической школы святой Лилианы, основанной в 1902 году. Здесь существует уникальная «система сестёр», насчитывающая столетия: каждая старшекурсница становится наставницей для одной из первокурсниц, беря на себя ответственность за её воспитание и адаптацию.
История начинается в современном Токио, где обычная школьница Кагомэ Хигураси живёт в старом храме вместе с семьёй. Однажды, спасаясь от демона-сороконожки, она падает в таинственный колодец и оказывается в прошлом — в жестокую эпоху Сэнгоку. Там её похищает демон-получеловек Инуяся, жаждущий заполучить находившийся при ней Камень Четырёх Душ, но сам он прикован к дереву проклятием.