Действие разворачивается в мире, всё ещё оправляющемся от шока масштабного инопланетного вторжения, описанного в предыдущих частях. Хрупкое перемирие между оставшимися дружелюбными гибридами и человечеством оказывается на грани краха из-за загадочного и смертельного вируса, который начал распространяться пятнадцать лет спустя.
Детектив Марк Корли сталкивается с апокалипсисом, когда таинственные корабли необъяснимым образом начинают забирать людей с улиц мегаполиса. В хаосе он теряет сына Трента и, рискуя всем, проникает на борт инопланетного корабля. Там его ждут шокирующие открытия и союзники в лице изувеченной Элейн и бывшего заключённого Джерода.