В мире, где защитники правды и порядки — это обычные родители, тишину нарушает внезапное нападение. Инопланетные захватчики, используя передовую технологию, без усилий обезвреживают и похищают всех известных супергероев, оставляя человечество беззащитным перед надвигающейся угрозой. Однако у каждой медали есть обратная сторона.
Действие разворачивается в мрачном и хаотичном Иронесбурге, последнем крупном городе на постапокалиптической Земле XXVI века. Среди мусора и обломков старых технологий врач-механик Доктор Идо находит останки женского киборга и, вопреки строгому запрету, восстанавливает её. Новая обитательница города, получившая имя Алита, лишена воспоминаний, но её тело хранит инстинкты смертоносного бойца.
Действие разворачивается в нарочито стерильном пригороде, где дома выглядят как близнецы, а жизнь жителей подчинена ритму работы вBlack Box — гигантской компании, производящей самый модный в мире коммуникатор. В этом мире полного порядка и предсказуемости резко нарушается ход событий, когда на голову одиннадцатилетнего Тоби падает загадочный, переливающийся всеми цветами радуги булыжник.