После падения планеты Сириус под натиском империи Тробиан её единственный выживший житель, Догги Крюгер, находит приют на Земле. Не теряя времени, он посвящает годы созданию местного отделения элитного межпланетного подразделения — Космического патруля Дельта (S.P.D.). К 2025 году человечество успешно интегрировалось в галактическое сообщество, но спокойствие оказывается хрупким.
Третья и заключительная часть фантастической саги братьев Вачовски подводит итоги масштабной эпической битвы за свободу. После событий «Матрицы: Перезагрузки» война между людьми и машинами вступила в решающую фазу. Армия машин, возглавляемая могущественным Архитектором, начинает полномасштабное наступление на подземный город Зион — последнее пристанище человечества.