Фильм «Тайна отца Амаро» — это остросоциальная драма, разворачивающаяся на фоне современной Мексики, где католическая церковь остаётся мощным институтом, влияющим на все сферы жизни. Главный герой, недавно рукоположённый падре Амаро, прибывает в маленький городок для работы под началом опытного священника.
Знаменитый мадридский детектив Херман Арета, человек с безупречной репутацией и пронзительным взглядом, соглашается взяться за дело, пришедшее к нему через бывшего комиссара. Его клиент — Мигель Сампедро, состоявшийся и богатый гомосексуалист, который после двадцати лет совместной жизни неожиданно остался один.