Фильм «Альтер» переносит зрителя в мрачное будущее, где глобальная катастрофа перекроила общество по принципу генетического превосходства. Теперь избранные, чьи тела усовершенствованы, живут в роскоши за высокими стенами, а «естественные» люди обречены на нищету и выживание в руинах старого мира. В этом разломе оказывается Леон — гениальный инженер, чьё тело парализовано, но разум остаётся...
В тихом финском городке поезд внезапно сходит с рельсов, вызывая мощный взрыв и пожар. Под обломками остаются более шести десятков человек. Всё шокированное общество требует ответов, и расследование поручают опытному следователю по несчастным случаям Марите Кайле. С первых дней её работа превращается в противостояние: официальная версия кажется очевидной, но детали не сходятся.
Йоханнес живёт обычной жизнью школьника в советской Эстонии: влюблён в одноклассницу, попадает в стычки с другими ребятами, проводит время с бабушкой и дедушкой. Его мать, ингерманландка, уезжает на работу в Финляндию, оставляя сына на попечении старших родственников. На этом фоне, как будто отдельно от повседневности, трясётся и рушится огромный мир — Советский Союз, который все привыкли...