Рёхэй Арису, молодой человек без работы и постоянного места жительства, после очередной ссоры с семьёй встречается с двумя товарищами, оказавшимися в таком же затруднительном положении. Их обычный вечер в Шibuya резко обрывается странным зрелищем в небе и последующей трансформацией реальности. Герои просыпаются в пугающе пустом, застывшем Токио, где нет ни одного живущего человека, а правила...
Действие разворачивается в эпоху бакумацу, в переломный момент истории Японии. Бывший убийца, известный как Баттосай, Кэнсин Химура продолжает свою кровавую охоту на сторонников сёгуната, веря в необходимость своих действий. Его путь неожиданно пересекается с Томоэ, молодой женщиной, шокированной жестокостью, которую она становится свидетелем.
В центре истории — Дзинта Ядоми, чья жизнь замерла после гибели его близкой подруги Мэйко Хонмы, или Мэнмы, когда они были детьми. Виня себя в этой потере, он замкнулся в себе, став хикикомори, в то время как остальные члены их компании «супермиротворцы» разошлись по разным жизненным путям: кто-то добился успеха в учёбе, кто-то пытается жить обычной жизнью, а кто-то ушёл в странствия.