Семья Кэрисов, бывшие секретные агенты, пытается жить обычной жизнью, пока их дети не оказываются втянутыми в новую миссию. Мощный компьютерный вирус, созданный бывшим разработчиком игр, захватывает контроль над системами безопасности по всему миру, и единственные, кто может противостоять ему, — это подростки, унаследовавшие таланты родителей.
Действие разворачивается в мрачном и хаотичном Иронесбурге, последнем крупном городе на постапокалиптической Земле XXVI века. Среди мусора и обломков старых технологий врач-механик Доктор Идо находит останки женского киборга и, вопреки строгому запрету, восстанавливает её. Новая обитательница города, получившая имя Алита, лишена воспоминаний, но её тело хранит инстинкты смертоносного бойца.