В мрачном Нью-Йорке, захваченном криминальным авторитетом Шреддером и его бесчисленными приспешниками из Клана Фут, начинается настоящая война. Город парализован страхом, а коррупция проникла во все эшелоны власти. Из скрытого логова в канализации появляются неожиданные защитники — четыре брата-черепахи, выросшие в изоляции и обученные искусству ниндзюцу мудрым наставником Сплинтером.
Секретная операция в Пакистане заканчивается катастрофой: на эвакуируемых бойцов отряда G.I. Joe с воздуха наносится удар, а лидеры Кобры, захватившие власть, возлагают вину за государственную измену на героев. В живых остаются лишь трое — непобедимый Роудблок, тактик Флинт и мастер маскировки Леди Джей. Они вынуждены скрываться, но не сдаются.
Третья часть масштабной франшизы переносит зрителей в самое сердце давней космической войны. События разворачиваются вокруг шокирующей истины: секретная миссия «Аполлон-11» в 1969 году имела вторую, скрытую цель — исследование затонувшего корабля автоботов на обратной стороне Луны. Эта находка, сохранявшая покой десятилетия, становится катализатором нового противостояния.