Действие разворачивается в мрачном будущем, где человечество, почти вымершее от вируса, существует в изоляции под защитным куполом. В этом замкнутом мире живёт и действует Эон Флакс — агент с необычной физиологией и невероятными боевыми навыками. Она принадлежит к подпольной группе «Монахи», которые ведут партизанскую войну против тоталитарного режима, но её личные мотивы и прошлое остаются...
В далёком будущем Галактическая Горнодобывающая Корпорация сталкивается с кризисом на своей отдалённой лунной базе Луна-44 — дорогостоящие роботы-добытчики исчезают один за другим. Чтобы разобраться, корпорация отправляет на станцию своего детектива Стоуна, вынужденного скрывать свою личность под маской нового заключённого.