Действие разворачивается в безрадостном будущем, когда Земля превратилась в враждебную пустошь, заселенную лишь дикими инопланетными тварями и горсткой выживших детей. Единственный путь к спасению — добраться до космического корабля «СкайАрк», который должен эвакуировать остатки человечества с умирающей планеты.
Фильм «Малыш» рассказывает историю восьмилетнего Пепе, живущего в небольшом городке на побережье Калифорнии в 1942 году. Когда его отца, местного рыбака, призывают в армию и отправляют на Тихий океан, мальчик убеждён, что может повлиять на ход войны. Он находит в библиотеке книгу о чудесах и решает, что его «маленький» рост и наивная вера — это ключ к спасению отца.