Фильм «Малыш» рассказывает историю восьмилетнего Пепе, живущего в небольшом городке на побережье Калифорнии в 1942 году. Когда его отца, местного рыбака, призывают в армию и отправляют на Тихий океан, мальчик убеждён, что может повлиять на ход войны. Он находит в библиотеке книгу о чудесах и решает, что его «маленький» рост и наивная вера — это ключ к спасению отца.
Действие разворачивается в мрачном будущем, где после вековой войны между людьми и вампирами человечество живёт под жёстким контролем тоталитарной Церкви. Города-государства окружены стенами, а вне их царит пустошь, кишащая кровососами. В этом мире священники — не только духовные лидеры, но и государственные служащие, обязанные слепо исполнять воление Синода.
Молодой, полный энтузиазма учитель Эдди Конвей, уверенный в своих идеалистических принципах, принимает самое сложное назначение — работу в старшей школе для проблемных подростков. Он убеждён, что сможет превратить банды хулиганов и потенциальных преступников в образцовых учеников, внедряя свои строгие, но справедливые методы.