Через тринадцать лет после кровопролитных событий в фавелах, предшествовавших визиту Папы Римского, полковник Насименту — суровый и бескомпромиссный командир элитного подразделения военной полиции BOPE — оказывася не на поле боя, а в кабинете. Скандал, вызванный жестоким подавлением тюремного бунта капитаном Андре Матиасом, вынуждает его покинуть пост и перейти на работу в Секретариат...
«Город Бога» — это масштабная и беспощадная хроника жизни в одноимённой фавеле Рио-де-Жанейро, которая становится персонажем фильма. История следует за тремя мальчишками, наблюдавшими за взрослыми бандами с детства. Фишка, прозванный Малышом Зе, эволюционирует из наблюдателя в безжалостного лидера наркокартеля, а его друг Бенни, хоть и блестящий бандит, внутренне бунтует против этого пути.