Роус, отчаявшаяся мать, не находит медицинской помощи для своей дочери Шэрон, страдающей от странной болезни. В отчаянии она следует за детской мантрой «Сайлент Хилл» и привозит девочку в настоящий город-призрак, затерянный в тумане и отрезанный от мира. Этот тупик, где время спрессовано и реальность искажается, оказывается ловушкой, полной жутких тварей и теней прошлого.
Действие разворачивается через тысячу лет после завоевания Земли расой пришельцев-гигантов Сайклосов. Человечество, почти истреблённое и порабощённое, выживает разрозненными племенами в дикой природе, лишённое технологий и надежды. Власть пришельцев абсолютна, а планета превращена в сырьевой придаток их далёкой цивилизации.