Действие разворачивается в последние дни Второй мировой войны и в послевоенный период. Главный герой, камикадзе Коити Сикисима, выживает после безуспешной миссии и возвращается в разрушенный Токио, где теряет родителей. В поисках нового смысла жизни он встречает молодую женщину с младенцем, также потерявшую всё, и они пытаются создать семью в условиях тотального дефицита.
Фильм «Синоби» переносит зрителя в Японию начала XVII века, в эпоху, когда страна, измученная веком междоусобиц, только-только объединилась под властью сёгуна Токугавы Иэясу. Две древние деревни ниндзя, Кога и Ига, на протяжении поколений воевавшие друг с другом, вынуждены подписать мирный договор. Их будущее, казалось бы, зависит от союза двух избранных воинов — Генносукэ из клана Кога и...