Секретная операция в Пакистане заканчивается катастрофой: на эвакуируемых бойцов отряда G.I. Joe с воздуха наносится удар, а лидеры Кобры, захватившие власть, возлагают вину за государственную измену на героев. В живых остаются лишь трое — непобедимый Роудблок, тактик Флинт и мастер маскировки Леди Джей. Они вынуждены скрываться, но не сдаются.
Древний конфликт между двумя расами трансформеров — благородными Автоботами и коварными Десептиконами — переносится на нашу планету. Их вечная битва за источник власти, Куб, угрожает стереть человечество с лица Земли. В эпицентре этого межзвездного противостояния оказывается ничем не примечательный школьник Сэм Уитвикки, который и не подозревает, что семейная реликвия, которую он носит с...