Казалось бы, обычная кража машины обернулась для Эдди кошмаром, из которого нет выхода. Он угодил в сети Уильяма — человека, который считает себя выше закона и готов творить правосудию своими руками. Теперь вместо тюрьмы его ждёт изолированный дом в пустыне, где каждый шаг контролируется, а любая ошибка станет последней.
После событий первой части синий еж Соник обретает подобие дома в Грин-Хиллз, но тихая жизнь быстро сменяется новым вызовом. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира, для чего ему нужен Мистер Эггман — могущественный артефакт, известный как Хрустальный изумруд. Его ищет и загадочный и сильный воин Наклз, чьи мотивы остаются неясными.