Легендарные братья-черепахи возвращаются в новом приключении, где их главный враг — Шреддер — получает неожиданное преимущество. С помощью профессора Стокмана, чьи технологии открывают путь между мирами, злодей готовит масштабный побег и план по захвату города. Эйприл О'Нил, раздобывшая ключевую информацию, становится связующим звеном между миром людей и подземельем, где обитают герои.
