Действие разворачивается в ближайшем будущем Японии, где из-за критически низкой рождаемости дети с раннего возраста находятся под пристальным контролем государства, воспитываясь в специальных школах-интернатах. В этой системе застенчивый и неприметный ученик Санда Кадзусигэ ведёт тихую жизнь, пока его не преследует одноклассница Сиори Фуюмура, угрожая ножом.
Путешествие в самое сердце таинственной Бездны продолжается. Рико, её робот-спутник Рег и воин Нанати преодолевают Светящийся лес и достигают Сада цветов стойкости — порога пятого, «морского» уровня. Здесь, на границе вечной тьмы, их ждёт последний оплот цивилизации — Идофронт, база исследователей, откуда ещё возможен возврат на поверхность.
Молодой режиссёр Макото Синкай, прославившийся визуально потрясающими и эмоционально насыщенными работами, возвращается с новой историей о силе человеческих связей и выборе. Действие разворачивается в альтернативном Токио, где небо навсегда осталось под властью тяжелых туч и непрекращающегося ливня.