Аниме «В лес, где мерцают светлячки» — это тонкая и меланхоличная история, разворачивающаяся на стыке реального мира и потустороннего. Однажды летом, заблудившись в горах, шестилетняя Хотару попадает в заколдованный лес, где обитают невидимые обычному глазу духи и призраки. В этом удивительном месте она встречает Гина — юного духа-хранителя, чьё лицо скрыто за белой маской.
Деревня Сотоба, затерянная в горах Японии, упрямо цепляется за свои традиции, несмотря на уход молодёжи в мегаполисы. Среди её жителей — вернувшийся врач Тосио Одзаки, мечтающая уехать ученица Мэгуми и семья Нацуно, искавшая покоя у природы. Их размеренная жизнь рушится с появлением таинственной семьи, поселившейся в старом доме на холме.