Второе приключение Леонардо, Донателло, Рафаэля и Микеланджело продолжает историю борьбы за судьбу Нью-Йорка. Черепашки сталкиваются с усугубляющейся угрозой от клана Футов, возглавляемого Шредером, и опасными последствиями экспериментов с мутагеном — веществом, способным превращать любые организмы в ужасающих мутантов.
