Действие разворачивается в мире, всё ещё оправляющемся от шока масштабного инопланетного вторжения, описанного в предыдущих частях. Хрупкое перемирие между оставшимися дружелюбными гибридами и человечеством оказывается на грани краха из-за загадочного и смертельного вируса, который начал распространяться пятнадцать лет спустя.
