Действие разворачивается в мрачном будущем, где человечество, почти вымершее от вируса, существует в изоляции под защитным куполом. В этом замкнутом мире живёт и действует Эон Флакс — агент с необычной физиологией и невероятными боевыми навыками. Она принадлежит к подпольной группе «Монахи», которые ведут партизанскую войну против тоталитарного режима, но её личные мотивы и прошлое остаются...
