Третья часть культовой франшизы возвращает зрителей в мир секретной организации, контролирующей инопланетные визиты на Землю. Агент Джей, один из лучших оперативников «Мужчин в чёрном», сталкивается с апокалиптическим сценарием: galactic shield, якобы защищающий планету, — миф. Его создатель, легендарный агент Кей, погиб в 1969 году, и без него щит не был построен.
Линда — преданная своему делу учительница английского в провинциальном Kingston, чья жизнь течёт размеренно и одиноко. Её мир, построенный вокруг классиков литературы, рушится с появлением Джейсона, её бывшего подающего надежды ученика, который вернулся из Нью-Йорка с разбитыми мечтами и непоставленной пьесой.