Америка XVI века — это край, где граница между освоенным миром и дикой природой размыта, а опасности подстерегают не только в лице незнакомых племён. Фильм «Затерянная колония» обращается к одной из самых известных тайн ранней истории США — полному исчезновению 117 колонистов, высадившихся на острове Роаноке в 1587 году.
Действие разворачивается в Уппсале в конце 1940-х годов, где молодой, полный мечтаний ученик гимназии Стиг знакомится с новой учительницей латыни Виолой. Между ними возникает сильное взаимное влечение, преодолевающее разницу в возрасте и социальные барьеры. Их отношения, скрытые от окружающих, становятся для обоих откровением и испытанием.