Пять лет после событий первого фильма Джонас Тейлор, покинувший службу, вынужден вернуться к своим подводным опасностям. Его приглашают на новую глубоководную станцию, расположенную в самой глубокой точке океана — Марианской впадине. Это место, где миллионы лет сохранилась скрытая экосистема с невиданными ранее существами, включая гигантских мегалодонов.
Доктор Элис, чьё исследование ночных кошмаров и парасомнии граничит с одержимостью, получает крайне сложный случай. Молодая семья страдает от одинаковых, невыносимо реалистичных ночных кошмаров, которые явно выходят за рамки обычных нарушений сна. Сама Элис, давно борющаяся с собственными пугающими видениями, видит в этой истории отражение своих deepest страхов.