Фильм разворачивается в 1997 году на фоне жестоких конфликтов в трущобах Рио-де-Жанейро, где элитное полицейское подразделение BOPE ведёт бескомпромиссную войну с наркобандами. Капитан Насименто, ветеран этой «войны без правил», вынужден завершить опасную карьеру из-за беременности жены и стремится передать опыт новобранцам.
«Город Бога» — это масштабная и беспощадная хроника жизни в одноимённой фавеле Рио-де-Жанейро, которая становится персонажем фильма. История следует за тремя мальчишками, наблюдавшими за взрослыми бандами с детства. Фишка, прозванный Малышом Зе, эволюционирует из наблюдателя в безжалостного лидера наркокартеля, а его друг Бенни, хоть и блестящий бандит, внутренне бунтует против этого пути.