Фильм «Альтер» переносит зрителя в мрачное будущее, где глобальная катастрофа перекроила общество по принципу генетического превосходства. Теперь избранные, чьи тела усовершенствованы, живут в роскоши за высокими стенами, а «естественные» люди обречены на нищету и выживание в руинах старого мира. В этом разломе оказывается Леон — гениальный инженер, чьё тело парализовано, но разум остаётся...
После смерти мужа Агата Денисовна Марфина, пенсионерка и бывший учитель математики, переезжает из привычной квартиры в элитный поселок к семье дочери. Тихая жизнь, наполненная воспоминаниями о шахматных вечерах с мужем, резко обрывается, когда она случайно становится свидетелем таинственного убийства.
Анна Островская живёт вроде бы идеальной жизнью: любящий муж, три дочери, уютный дом. Но за фасадом благополучия скрывается шокирующая правда — Анна обладает экстрасенсорными способностями, видя и слыша умерших. Сначала она пытается скрыть этот дар, считая его проклятием, но случайно узнаёт, что её способность может стать инструментом для правосудия.