«Стальной алхимик: Финальная трансмутация» — это кульминационная точка культовой аниме-франшизы, напрямую продолжающая сюжет оригинальной манги Хирохико Аракавы. Фильм фокусируется на братьях Эдварде и Альфонсе Элриках, которые после долгого и болезненного путешествия по миру амнестии и поисков философского камня оказываются перед лицом глобальной катастрофы.
В центре истории — Уэнди, женщина с аутизмом, живущая в специальном учреждении и мечтающая стать сценаристом. Её рукопись, вдохновлённая вселенной «Звёздных войн», проходит в финал конкурса сценариев в Лос-Анджелесе. Когда официальный канал связи с внешним миром отказывается ей помогать, Уэнди принимает рискованное решение — сбежать от строгой сиделки, чтобы лично доставить свой сценарий.
В обычной американской старшей школе, где социальный статус и соответствие нормам кажутся важнее всего, несколько подростков оказываются на обочине школьной жизни. Они не вписываются в привычные рамки не потому что недостаточно умны или талантливы, а потому что их внутренний мир, их чувства и влечения не совпадают с ожиданиями окружения.