После событий первой части синий еж Соник обретает подобие дома в Грин-Хиллз, но тихая жизнь быстро сменяется новым вызовом. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира, для чего ему нужен Мистер Эггман — могущественный артефакт, известный как Хрустальный изумруд. Его ищет и загадочный и сильный воин Наклз, чьи мотивы остаются неясными.
Будучи живым воплощением скорости, Соник — не просто гость с другой планеты, а существо с невероятными способностями, вынужденное скрываться от тех, кто хочет использовать его силу. На Земле он находит неожиданного союзника в лице местного жителя Тома, который переживает сложности обычной жизни, пока не сталкивается с настоящей угрозой из космоса.