В далёком будущем человечество, лишённое памяти о поверхности, живёт в глубоких шахтах, добывая ценные рубидимитовые кристаллы для безликих роботов-надсмотрщиков и их повелителя, жестокого Зайгона. Существование людей — это бесконечный труд ради жалких пайков, а любые разговоры о солнечном свете считаются ересью.
После триумфального, но тяжёлого победоносного завершения конфликта с Ханом, капитану Джеймсу Керку не остаётся радости от успеха. Цена победы оказалась непомерно высокой — погиб Спок, отдавший свою жизнь ради спасения «Энтерпрайза». Эта потеря оставляет глубокий шрам в душе Керка, а безумие, охватившее его верного друга Мак-Коя, угрожает лишить его ещё одного соратника.