После событий предыдущего фильма команда «Энтерпрайза», возглавляемая капитаном Кирком, возвращается на Землю на угнанном клингонском корабле. Их ждёт не триумф, а суд за многочисленные проступки, но куда более страшная новость: к планете приближается огромный инопланетный корабль, посылающий сигналы на языке китов, исчезнувших в 23-м веке.
Дон Сигел создаёт напряжённую и холодную хронику противостояния человека и системы в фильме, основанном на реальных событиях. Действие разворачивается в стенах тюрьмы-острова Алькатрас, которую в 1960-х считали абсолютно неприступной. Сюда перевозят хладнокровного и calculating Фрэнка Морриса, уже сбегавшего из нескольких тюрем.