Третья часть эпической саги «Аватар» переносит зрителей в новый, ещё более напряжённый этап борьбы за Пандору. После трагической смерти Нетейама, духовного лидера клана Оматикая, Джейк Салли, его супруга Нейтири и их дети оказываются в центре бури. Их мир, только начавший восстанавливаться после предыдущих конфликтов, снова рушится.
Четыре года спустя после событий первого фильма Джейк Салли полностью assimilated в культуру на'ви, стал вождём клана Оматикайя и построил семью с Нейтири. Идиллическая жизнь на планете Пандора под угрозой, когда человечество в лице корпорации RDA возвращается с новой, гораздо более крупной и воинственной экспедицией, жаждущей контроля над ресурсами планеты.
Действие разворачивается в мрачном и хаотичном Иронесбурге, последнем крупном городе на постапокалиптической Земле XXVI века. Среди мусора и обломков старых технологий врач-механик Доктор Идо находит останки женского киборга и, вопреки строгому запрету, восстанавливает её. Новая обитательница города, получившая имя Алита, лишена воспоминаний, но её тело хранит инстинкты смертоносного бойца.