После событий первой части синий еж Соник обретает подобие дома в Грин-Хиллз, но тихая жизнь быстро сменяется новым вызовом. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира, для чего ему нужен Мистер Эггман — могущественный артефакт, известный как Хрустальный изумруд. Его ищет и загадочный и сильный воин Наклз, чьи мотивы остаются неясными.
