Галактика в огне. Войны клонов, длящиеся уже три года, превратили некогда процветающую Республику в поле битвы, где сталкиваются армии клонов под командованием канцлера Палпатина и дроиды Сепаратистов, ведомые графом Дуку. В этой мрачной атмосфере нарастающей паранойи и коррупции последние рыцари-джедаи, включая Оби-Вана Кеноби и его ученика Энакина Скайуокера, пытаются сохранить хрупкий мир.
Третья и заключительная часть фантастической саги братьев Вачовски подводит итоги масштабной эпической битвы за свободу. После событий «Матрицы: Перезагрузки» война между людьми и машинами вступила в решающую фазу. Армия машин, возглавляемая могущественным Архитектором, начинает полномасштабное наступление на подземный город Зион — последнее пристанище человечества.
Действие разворачивается в период политической нестабильности. Республика, некогда мирная, теперь раздираема внутренними противоречиями и внешней угрозой движения сепаратистов, объединившего множество систем под руководством бывшего джедая графа Дуку. Чтобы противостоять этой опасности, Верховный канцлер Палпатин использует кризис для консолидации своей власти и инициирует создание...