Секретная операция в Пакистане заканчивается катастрофой: на эвакуируемых бойцов отряда G.I. Joe с воздуха наносится удар, а лидеры Кобры, захватившие власть, возлагают вину за государственную измену на героев. В живых остаются лишь трое — непобедимый Роудблок, тактик Флинт и мастер маскировки Леди Джей. Они вынуждены скрываться, но не сдаются.
