Продолжение культового триллера 1987 года переносит зрителя в мрачный мир 90-х, где инопланетная угроза обретает новые, еще более чудовищные черты. Существо из космоса, не знающее пощады, продолжает свой тихий захват Земли, используя изощренную тактику: оно не убивает, а поражает, вселяясь в тела людей и буквально размножаясь в них, создавая целые колонии пришельцев в человеческом обличии.
После триумфального, но тяжёлого победоносного завершения конфликта с Ханом, капитану Джеймсу Керку не остаётся радости от успеха. Цена победы оказалась непомерно высокой — погиб Спок, отдавший свою жизнь ради спасения «Энтерпрайза». Эта потеря оставляет глубокий шрам в душе Керка, а безумие, охватившее его верного друга Мак-Коя, угрожает лишить его ещё одного соратника.