Пять лет после событий первого фильма Джонас Тейлор, покинувший службу, вынужден вернуться к своим подводным опасностям. Его приглашают на новую глубоководную станцию, расположенную в самой глубокой точке океана — Марианской впадине. Это место, где миллионы лет сохранилась скрытая экосистема с невиданными ранее существами, включая гигантских мегалодонов.
Глубоководный исследовательский аппарат, работающий в рамках международной научной программы, подвергается неожиданной и разрушительной атаке. Существо, которое современная наука считает давно исчезнувшим, буквально разрывает аппарат на части, оставляя экипаж в затонувшей капсуле на бесконечной глубине Тихого океана.