Год спустя после событий первой части Чебурашка продолжает жить в квартире у Гены Чернозёрова. Однако мир героев меняется: ушастик, который раньше был беззаботным ребёнком, начинает проявлять черты самостоятельного, но ещё незрелого подростка. Его новое поведение — от фантазий до мелких шалостей — часто приводит к столкновениям с Геной, который, пытаясь сохранить порядок, неосознанно переходит...
Во время обычной экскурсии по научно-исследовательскому центру семнадцатилетний первокурсник Женя оказывается в нужном месте в нужное время. Он нечаянно активирует испытательный образец — передовую модель робота «Апостол» (A.P.O100L), который неожиданно для всех обретает собственную волю и способность к независимым решениям.