Легендарные братья-черепахи возвращаются в новом приключении, где их главный враг — Шреддер — получает неожиданное преимущество. С помощью профессора Стокмана, чьи технологии открывают путь между мирами, злодей готовит масштабный побег и план по захвату города. Эйприл О'Нил, раздобывшая ключевую информацию, становится связующим звеном между миром людей и подземельем, где обитают герои.
В один безоблачный день два пассажирских лайнера почти сталкиваются в воздухе из-за внезапного сбоя всех навигационных систем. Дилан Хёрли, проявивший невероятную собранность, успевает развести их курсы, но это спасительное действие становится началом его кошмара. С этого момента он замечает, что его жизнь подчиняется странному ритму — каждый день в 2:22 ровно на две минуты останавливается, а...